目前所有包裝都在面臨一個問題那就是使用后處理上的問題。所有人都知道3R原則，即減少、再利用、再循環，但對于藥用玻璃瓶，回收的問題顯然遠遠大于重復利用的優勢。回收的藥用玻璃瓶所耗用的能源比利用原料加工新玻璃瓶要小。根據玻璃瓶包裝學會的數據，約有10%的玻璃瓶被回收并重新用于加工中，能幫助節省2-3%的能源消耗，玻璃瓶回收還有利于節省資源，減少污染。
然而，藥用玻璃瓶的重復使用能為節省成本帶來很大貢獻，只要對藥用玻璃瓶進行消毒就能重新進入包裝環節，不需要粉碎、溶解和再加工成型。究竟選擇回收還是重復利用，考慮的成本及效益因素很多，例如：
一、當地包裝物回收情況是否良好
二、藥用玻璃瓶是否需要押金以提高重復使用率
三、飲料瓶生產商是否的銷售地附近設廠進行重復灌裝，如果玻璃瓶需要長途運輸，成本不合理
四、零售商是否樂意接受重復使用的要求
五、飲料生產商采用的是否為標準瓶體，政府是否有相關強制措施
綜上所述，我們除了要考慮成本問題，也要考慮到消費者的反應、政府的政策、生產商的態度等各個環節。從整體角度看，重復使用玻璃瓶是最經濟的包裝方法，甚至比價格低廉的紙盒更便宜，而不可重復使用的玻璃瓶則是所有包裝形式中最昂貴的類型。
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